Mendel intentó saber qué pasaba cuando tenía en cuenta la herencia de otro carácter y para ello escogió la piel del guisante que podía ser lisa o rugosa. A partir de sus observaciones formuló su tercera ley: la Ley de la segregación independiente de dos caracteres.

Partió de dos líneas puras para dos caracteres, plantas con semillas amarillas y lisas —ambos caracteres dominantes— con plantas con semillas verdes y rugosas —caracteres recesivos—. En la primera generación filial obtenía descendientes con los caracteres dominante: amarillos y lisos. Pero al cruzar entre sí estos descendientes pudo comprobar que los caracteres recesivos de la otra línea pura aparecían en la segunda generación filial o F₂ en la proporción 9:3:3:1.

Para entender más facilmente la combinación de los posibles cruces entre los individuos de la F₁, se pueden representar mediante la siguiente tabla, denominada cuadro de Punnett, en la que se indica los posibles gametos que cada uno de los parentales puede aportar y los genotipos resultantes:

En la siguiente simulación, procedente de la wiki The Story of Mendel, puedes experimentar combinando parentales con diferentes tipos de guisantes —lisos, rugosos, verdes o amarillos— para ver cómo pueden ser sus descendientes.

Para ello:

1. Selecciona un botón de la línea superior de uno de los "children".
2. Selecciona, a continuación, otro botón de la segunda línea de botones.
3. Dale al botón "Breed".

Puedes incluso pulsar los dos botones de un mismo individuo, esto es, autofecundarlo.

Si quieres volver al cruzamiento inicial, sólo debes pulsar "Return To "Pea Soup" Main Page".

Nota importante: usan otra nomenclatura para los caracteres:

• Color amarillo: Y_
• Color verde: yy
• Piel lisa: R_
• Piel rugosa: rr