En resumen, nos podemos encontrar con tres tipos de estructuras:
Átomos libres: solamente se dan en la naturaleza en los gases nobles (helio, neón, etc).
Moléculas: se trata de una agrupación finita de átomos, dos o hasta millones, pero siempre los mismos y distribuidos de la misma forma para cada sustancia. Por ejemplo, oxígeno, gas a temperatura ambiente; agua, que se encuentra en estado líquido en la naturaleza; y naftaleno, sólido (es la sustancia con la que se hacen las bolas de naftalina utilizadas como antipolilla en los armarios).
Estructuras gigantes: son agrupaciones de átomos que no tienen un límite definido; cuantos más átomos haya, mayor será la estructura. Los átomos pueden ser iguales, como sucede en el hierro o en el diamante (de carbono en este caso), o diferentes, como sucede en la sal común o en la sílice. En el caso de haber átomos diferentes, su proporción es fija en cada sustancia: en un trozo de sílice, siempre hay el doble de átomos de oxígeno que de silicio, mientras que en la sal común hay el mismo número de átomos de cloro que de sodio.