El aparato excretor elimina los productos de desecho que se producen en las células por la actividad metabólica, cuya acumulación puede resultar tóxica para el organismo.

Los seres vivos acuáticos de organización muy sencilla, esponjas y celentéreos carecen de aparato excretor y expulsan los desechos directamente al agua.

En los invertebrados el aparato excretor es muy sencillo y está formado por tubos excretores ciegos o abiertos a la cavidad interna del cuerpo. Las sustancias de desecho pasan a través de las paredes de estos tubos y son vertidas al exterior por poros excretores.

En los vertebrados está formado por uno o más riñones y conductos para eliminar la orina. En los riñones se filtra la sangre y se elimina el exceso de agua y sales minerales junto con residuos tóxicos como la urea, ácido úrico y amoniaco.

Todos los vertebrados salvo los peces tienen uréteres. Los uréteres desembocan en la cloaca en anfibios, reptiles y aves y en la vejiga en mamíferos. En los mamíferos la vejiga comunica con la uretra por la que sale al exterior la orina.

En la excreción participan además del aparato urinario, las glándulas sudoríparas, eliminan un líquido de composición parecida a la orina, el aparato respiratorio al eliminar el dióxido de carbono y el hígado que destruye sustancias tóxicas.