La herencia de algunos caracteres parece incumplir las Leyes de Mendel porque las proporciones genotípicas o fenotípicas resultantes son diferentes a las esperadas. Podemos considerar estos casos como aparentes anomalías o excepciones entre las que podemos citar:

1. Las mutaciones, que hacen aparecer fenotipos nuevos y, por tanto, no predecibles.

2. La presencia de genes letales, que provocan la muerte de algunos individuos modificando así las proporciones genotípicas y fenotípicas. 

3. Los alelos múltiples. En los caracteres mendelianos típicos existen sólo dos alelos posibles (por ejemplo amarillo A o verde a) Pero para algunos caracteres, aunque cada individuo sólo posee dos genes, los alelos o alternativas posibles son más de dos. Un ejemplo sería la herencia del color de los ojos en la mosca del vinagre (Drosophila melanogaster)

Otro ejemplo de alelos múltiples es la herencia de los grupos sanguíneos ABO. En este caso hay tres alelos posibles: I^A I^B I^O. Los dos primeros son codominantes y ambos dominan sobre el I^O. Al combinarlos se obtienen 6 genotipos posibles y 4 fenotipos, tal como se muestra en la imagen.