En la política interior cabe destacar un importante programa de reformas:

• una reorganización de la Hacienda y un intento de unión política, con el fin de que todos los estados de la Corona participasen en el ejército y en asumir los costes de las guerras. Hay que tener en cuenta el estado de crisis económica que se vivía en el siglo XVII, con malas cosechas, un decaimiento del comercio con América o la situación de bancarrota de la Hacienda del rey, que debía sumar los gastos del mantenimiento de la Corte y los provocados por las guerras en Europa. El reino de Castilla (junto a las posesiones de América) era el principal sostén de los ingresos de la Corona.
• Ante esta difícil sitaución, Felipe IV y el Conde-Duque de Olivares intentaron movilizar los recursos de todos los reinos de la Corona; el proyecto se llamó la Unión de Armas, se pretendía que todos los reinos participasen en los gastos y en el aporte de soldados para las campañas del rey.

El problema se estableció cuando las peticiones de recursos y soldados fueron desproporcionadas en relación con lo que el resto de los reinos podía ofrecer. Estas medidas provocarán una fuerte oposición en Cataluña y Portugal, que en 1640 iniciarán rebeliones independentistas.

• La rebelión de Cataluña se inició durante la fiesta del Corpus Christi. Los dirigentes rebeldes buscarán el apoyo del rey de Francia, Luis XIII, al que reconocerían como conde de Barcelona. Finalmente, en 1652, el ejército de Felipe IV reintegró a Cataluña a la corona española.
• La rebelión de Portugal estuvo dirigida por el duque de Braganza, y tuvo su origen en el descontento de los portugueses por el aumento de los impuestos y por no recibir la ayuda de España ante los ataques de los holandeses a las colonias portuguesas. El duque de Braganza se proclamó (con el apoyo de Inglaterra, Francia y los Países Bajos) rey de Portugal y en 1668 Carlos II (hijo y sucesor de Felipe IV) reconoció la independencia de Portugal.